Berikut ini adalah beberapa hal yang membedakan sistem operasi windows dan linux : 

1.      Hak Atas Kekayaan Intelektual (HAKI)
Jika dilihat dari sisi HAKI, SO Windows dan kebanyakan program-program aplikasinya, kepemilikan lisensi (rata-rata berharga $200 USD) merupakan sarat mutlak untuk penggunannya.                                           
Sementara Linux dan program-program aplikasinya dilain pihak berlisensi gratis dan justru mendorong para penggunanya untuk menyebarluaskan perangkat lunak tersebut.

2.      Instalasi dan Kelengkapan Program
Windows adalah sistem operasi, itu sebabnya Windows   tidak  menyediakan   banyak   program setelah  diinstal. Kalaupun ada mungkin Anda hanya akan menemukan Internet Explorer, Media Player, Notepad, dan beberapa program kecil lainnya.
Ini sangat berbeda dengan Linux. Sekalipun Linux juga suatu sistem operasi, tetapi Linux disertai dengan banyak program didalamnya. Setelah diinstal, Anda akan menemui banyak program dari hampir semua kategori program. Sebut saja kategori Office Suite, Multimedia (Sound, Video, Graphics), Internet (Browser, Email, Chat, Downloader, Messenger, Torrent, News), 3D, Games, Utility, dll.
Dengan waktu instalasi yang hampir sama, Anda bukan hanya mendapatkan suatu sistem operasi tetapi juga semua program yang diperlukan untuk kegiatan sehari-hari di Linux.

3.      Spyware.
Spyware adalah suatu masalah yang cukup umum di dunia Windows. Biasanya program spyware mengamati, mengumpulkan dan mengirimkan sebuah data ke suatu server. Untuk hal yang lebih positif, program ini biasanya dipergunakan untuk keperluan marketing. Sayangnya, ada juga yang berniat buruk yaitu dengan mencuri identitas, kartu
kredit, dan tindakan negatif lainnya. Tidak banyak program spyware yang menginfeksi Linux mengingat cara kerja Linux yang lebih susah untuk ditembus. PCLinux telah menyediakan pre-instal Firewall untuk melindungi sistem Anda dan bisa diaktifkan melalui PCLinux Control Panel.

4.      Security dan Virus
Salah satu masalah utama di Windows yang paling sering di temukan adalah virus dan spyware. Dari tahun ke tahun permasalahan ini bukan semakin mengecil tetapi malah semakin membesar. Ini semua terjadi karena banyak lubang keamanan di Windows yang bisa dieksploitasi oleh orang-orang yang tidak bertanggungjawab.
Linux diturunkan dari sistem operasi Unix yang memiliki tingkat keamanan lebih kuat. Itu sebabnya tidak ada banyak virus di Linux dan kalaupun ada tidak bisa berkembang biak dengan pesat dan biasanya tidak mampu membawa kerusakan yang besar. Sekalipun tidak sepenting di Windows, beberapa program anti virus di linux masih bisa ditemukan, seperti ClamAV dan         F-Prot. PCLinux telah menyediakan anti virus ClamAV yang bisa ditemukan pada menu Start > Applications > FileTools > KlamAV.

5.      Sistem File
Windows menggunakan FAT dan NTFS. Windows tidak membedakan penggunaan nama file dengan huruf besar dan huruf kecil (case insensitive). Windows mengenal juga istilah drive untukdevice dan partisi. Windows memiliki MyComputer sebagai root, yang didalamnya terdapat berbagai drive dan device. Windows juga tidak bisa membaca file sistem Linux (tanpa memanfaatkan program terpisah). Di sistem file, ekstensi nama file di Windows memiliki peranan penting. 
Sementara Linux menggunakan ext2, ext3, reiserfs, xfs, jfs dan lain sebagainya. Linux dapat membaca dan menulis ke FAT32, dan dapat membaca dan  menulis NTFS (eksperimental dan memanfaatkan proyek terpisah). Linux membedakan penggunaan huruf besar dan kecil dalam berbagai aspek penggunaan sistem operasi. Di Linux, istilah drive tidak digunakan. Yang digunakan adalah direktori biasa. Apabila dibandingkan dengan Windows, Linux mengenal direktori root(disimbolkan dengan /), yang didalamnya terdapat berbagai direktori dan device. Di Linux, ekstensi nama file tidak memiliki peranan penting. 

6.      Sistem Distribusi
Windows hanya mengenal satu distribusi  yaitu Microsoft. Sementara,Linux mengenal banyak distribusi yang merupakan kumpulan kernel Linux, pustaka – pustaka sistem, dan software – software yang dibungkus dengan prosedur tertentu. Yang membedakan antar distribusi bisa saja pada semua bagian tersebut (kernel yang berbeda versi dan pengaturan, software dan pustaka yang berbeda), termasuk prosedur pemaketannya. 

7.      Progam Aplikasi
Windows unggul untuk aplikasi Office-nya. Diakui bahwa Microsoft Office termasuk tool yang sangat enak untuk bekerja di PC seperti menyiapkan presentasi, tulisan, laporan, agenda dll.  
Linux unggul dalam aplikasi Webserver, proxy server, firewall, mail server, Samba dll. Pada aplikasi server umumnya X-Windows tidak lagi digunakan di Linux, oleh karena itu Linux biasanya lebih hematresources (memory & harddisk) di bandingkan Windows. Sementara komunitas Linux juga berusaha keras untuk mengejar ketinggalannya dalam aplikasi Office-nya dengan mengembangkan StarOffice yang dimotori oleh Sun Microsystems hardware tidak bisa bekerja di Linux.Hal ini bisa terjadi karena pembuat hardware tidak menyediakandriver versi Linux. Untungnya, belakangan ini cukup banyak vendoryang sudah memberikan dukungan driver Linux. Dan pengenalan Linux akan hardware semakin lama semakin meningkat sehingga mulai jarang terdengar permasalahan hardware di Linux.

9.      Waktu Pengoperasian
Sebagai SO personal workstation, Windows akan sering dimatikan apabila ditinggalkan pemiliknya untuk menghemat listrik karena tidak akan ada orang lain yang akan menggunakan komputer itu.
Sistem Linux dirancang untuk bisa digunakan bersama-sama oleh banyak orang. Karena itu perlindungan berkas dan proses-proses milik seseorang terhadap orang lain menjadi porsi besar dari perhatian perancangnya. Pada sistem Linux (dan Windows NT/2000/XP) identifikasi user sangat menentukan hak akses pengguna. Karena itu akan banyak ditemui penggunaLinux yang bekerja dengan user root (nama super user di dunia Unix).

10. Menangani Crash
Dibandingkan dengan Windows 95/98/ME, Linux jauh lebih stabil. Namun jika mengikuti petunjuk sistemnya dengan baik, Windows XP juga cukup stabil.Unix dan Linux mempunyai sifat multi-user. Linux menjalankan aplikasi secara berbeda dengan Windows. Ketika suatu aplikasi terkunci, Anda dapat mematikannya dengan mudah. Cukup menekan kombinasi tombol Ctrl + Esc, dan dapat memilih aplikasi (atau proses) mana yang bermasalah. Dan jika sistem grafis yang terkunci, bisa berpindah kecommand-prompt (dengan menekan Ctrl+Alt+F1) dan membunuh prosessoftware secara manual. Juga tersedia pilihan untuk merestart desktop saja dengan menekan Ctrl+Alt+Backspace. Ini berarti tidak harus melakukanreboot sekalipun sistem Linux sedang mengalami masalah.